Мне тоже первое, что пришло в голову это влажность воздуха. Но, не обязательно. У меня в посеве Опунций была подобная ситуация. Полугодовалые сеянцы выше гипокотиля начали выпускать корешки. И те сеянцы, у которых корни не дотянулись до почвы усохли. Выжили те, которым я успел досыпать грунта.
Что еще могу добавить из наблюдений, что смесь в которой росли Опунции была бедновата, как для Опунций. Процентов 20 почвы, остальное песок. И растут они у меня не ахти.
Скорее всего, это запустился какой-то механизм, свойственный Опунциевым. Разобраться было-бы конечно интересно.