Ну, если пикировать через месяц, то корневая система до "низа" ни при каких условиях не дорастет (это про воздух). А что касается застоя воды, то, в принципе, некоторые вообще семена герметично пакуют и ничего...
А снизу полив прорастающих семян я вобще не практикую. Как раз при нем и будет внизу вода скапливаться. Хотя дренажные отверстия вроде и не мешают.